Detta decenniet blev det mest händelserika årtiondet i seminföreningens historia. Det var de stora förändringarnas fusionernas och de stora stridernas decennium.
Bakgrunden till fusionerna var de ökade kraven på avelsarbete med bland annat ökad tjurrekrytering, som km redan i slutat av 1950-taket. Kraven medförde stora behov av mycket långfristiga investeringar. Både i tjurar och stallar. Det blev nödvändigt att vidga basen, för att trygga den framtida existensen.

De första fusionsförhandlingarna genomfördes med Älvsborgs Norra Seminförening. Redan vid 1960 års stämma kunde man godkänna ett fusionsavtal. Man fattade ett första beslut om stadgeändring: Fullmäktigerepresentation skulle införas och namnet ändrades till Skara Älvsborgs Semin. Beslutet bekräftades sedan på nästa års stämma och det officiella fusionsdatumet fastställdes till den 1 oktober 1961.

Men behovet av ett ökat underlag gällde inte bara Skara och Norra Älvsborg utan diskussioner fördes även med andra föreningar. När det gällde Örebro läns Seminförening kunde tyvärr inte planerna realiseras. Däremot genomfördes en fusion med Jönköpings läns Seminförening under 1963 och med Göteborgs- och Bohus läns seminverksamhet - dock inte förrän 1967.
Därmed hade företaget fått det geografiska upptagningsområde , som fortfarande gäller. Företagsnamnet var nu Skara Semin.

Men de organisatoriska förändringarna inskränkte sig inte till sammanslagningar av seminföreningar. I slutet av 1966 togs diskussionen upp om en eventuell fusion mellan Skara Semin och kontrollföreningarna inom verksamhetsområdet.
Ett år senare var fusionerna ett faktum, och vid 1967 års stämma anpassades stadgarna till den nya verksamheten. Skara Semin blev nu en husdjursförening men behöll det inarbetade namnet "Skara Semin". Istället för avelsråd, utsågs nu ett förvaltningsråd med 14 ledamöter.

Redan i april 1968 startade man försök med integrerad körning i semin och kontroll vid Nässjösektionen. Efter at ha funnit lämpliga arbetsformer, kopplades också Brålandasektionen till på samma sätt och sedan Mariestad. I Mariestad prövades en ny metod - man svarade för själva fältarbetet men lät laboratoriet på det då nya Götenemejeriet svara för analyssidan. En metod, som sedan blivit den klart dominerande.
Samarbetet med mejeriorganisationerna fördjupades sedan ytterligare. T.ex. infördes den så kallade mejeridebitering i oktober 1968.

Men 1960-talet var också stridigheternas decennium. Det man stred om var främst två saker. Dels avelsarbetets praktiska upplägg, dels val av spermafrysningsmetod.,
Utredningar om hur avelsarbetet borde läggas upp hade pågått praktiskt taget utan uppehåll sedan gruppavelssystemet infördes i mitten av 1950talet. Nya möjligheter hade klarna undan för undan och den 18 november 1964 tog styrelsen ett av de mest uppmärksammade beslut någonsin. Det skulle införas ett nytt tjuranvändningssystem. Det som senare kom att kallas för "Skarasystemet", dvs. användning i turordning av avkommebedömd ungtjur.

Kritiken blev hård på 1965 års distriktsmöten. Men några vägande sakliga argument kunde aldrig presenteras. Vållade Skarasystemet vilda diskussioner, var det bara en viskning i jämförelse med debatten om bästa djupfrysningsmetoden.

Under 1964-65 utfördes en rundlig teknisk genomgång av olika spermafrysningsmetoder. Anledning var den explosionsartade utvecklingen, som återuppfinnandet av pelletfrysmetoden föranledde. Både pellets och payetter testades i såväl laboratoriet som ute på fältet. Resultatet av försöken blev att stegvis upphörde hanteringen med färsksperma och övergick till fryst sperma i payettform.
Skara Semin kom härigenom på klar kollisionskurs med både riksorganisationen SHS och flertalet andra seminföreningar, som föredrog pelletmetoden. Den senare metoden var visserligen både snabbare och billigare. Men den var samtidigt klart otillfredsställande ur fält- och identifikationssynpunkter.
Pelletfrysningens nackdelar kunde inte övervinnas. Den ena föreningen efter den andra följde Skara Semins exempel. På förvånansvärd kort tid förändrades landets spermaförsörjning till att bli payett baserad.