Under 1998 började Mats och Ingvor fundera på hur den fortsatta verksamheten skulle se ut. Orken började tryta efter tio revyer, sex sommarfarser och två Sommarskôj i egen regi. Under hela 1990-talet hade Mats dragits med olika hälsoproblem. Men att lägga ner Skararevyn kändes inte aktuellt. Mats tog kontakt med Nöjespatrullen (nuvarande 2Entertain) i Falkenberg. Bolaget tackade ja och kompanjonskapet mynnade ut i Mats tre sista revyer Baraskôj, Gôtt Nytt och Hôl i vägga. Samarbetet innebar också att Bondkomik i Vinköl AB blev aktieägare i Nöjespatrullen och vid börsnoteringen 2000 valdes Mats in i företagets styrelse.

Sommaren 2001 fick Mats förfrågan av Nöjespatrullen att medverka i lustspelet "Snålvatten och Jäkelskap" på Vallarna i Falkenberg, vilket Mats tackade ja till. Mats insjuknade en knapp vecka innan premiären i en akut blodförgiftning och han tvingades ställa in sin medverkan. Senare på sommare i den 28 juli avled Mats. För många kom Mats bortgång oväntat, då det endast var de närmaste som var insatta i hans sjukdomsbild med ledproblem och de stora hjärtoperationerna.
Mats positiva livssyn gjorde att han hela tiden såg framåt och enligt honom själv var operationerna bara transportsträckor fram till ett tillfrisknande. Obduktionsrapporten visade att han led av en odefinierad bindvävsjukdom, som angripit ett flertal av de inre organen förutom njurarna. 

En älskad och levnadsglad bondkomiker med fötterna fast rotade i den västgötska myllan hade gått ur tiden endast 54 år gammal. Till Mats begravning startade familjen stiftelsen Mats Ljungs Tôrparpris. Mellan 2002 fram till 2022 delades stiftelsen ut stipendier till lovande västsvenska ungdomar inom underhållningsbranschen och upplevelseindustrin.

Våren 1997 påbörjade filmaren Stefan Quinth från Vedum en dokumentärfilm om Mats. På grund av Mats bortgång blev det istället en minnesfilm som färdigställdes 2006 och visades i SVT.